Το καλοκαίρι του 2016, η Μπενφίκα παίρνει από την Παρτίζαν τον Άντρια Ζίβκοβιτς. Εξι μέρες πριν ο Σέρβος διεθνής συμπληρώσει τα 20 του χρόνια, στις 5 Ιουλίου 2016, ανακοινώνεται από την πορτογαλική ομάδα.
Ο πρώτος προπονητής που συναντά εκεί είναι ο Ρουί Βιτόρια, ο νυν τεχνικός του Παναθηναϊκού. Οι δυο τους θα συνεργαστούν στην Μπενφίκα για δυόμιση σεζόν.
Με τον Ρουί Βιτόρια στον πάγκο, ο Ζίβκοβιτς θα κάνει ντεμπούτο στο πορτογαλικό Πρωτάθλημα. Ηταν ένα παιχνίδι στις 2 Οκτωβρίου 2016, με αντίπαλο τη Φεϊρένσε για την 7η αγωνιστική, μπαίνει ως αλλαγή.
Μαζί του θα κάνει ντεμπούτο στο Κύπελλο, ως βασικός, λίγες μέρες μετά, στις 14 Οκτωβρίου 2016.
Λίγους μήνες μετά, θα κάνει ντεμπούτο στο Champions League, ως παίκτης της Μπενφίκα, στις 8 Μαρτίου 2017, με αντίπαλο την Ντόρτμουντ.
Συνολικά, θα συνεργαστούν, για δυόμιση σεζόν, σε 74 παιχνίδια, μέχρι την αποχώρηση του Βιτόρια από τον πάγκο της Μπενφίκα.
Πλέον θα είναι αντίπαλοι στο πορτογαλικό Πρωτάθλημα εκεί όπου θα βρεθεί αντίπαλος ξανά με τον Ραζβάν Λουτσέσκου.