Η Αφροδίτη Σκαφίδα τονίζει πως αρνείται κάθε κατηγορία, περί χρήσης απαγορευμένων ουσιών. Σύμφωνα με δημοσιεύματα, δείγμα της Ελληνίδας αθλήτρια ελέγχθηκε και βρέθηκε να είναι θετικό σε χρήση απαγορευμένων ουσιών. Το συγκεκριμένο δείγμα ήταν από το 2005. Όπως τόνισε η ίδια, έχει περάσει από 26 ελέγχουν ντόμπινγκ και πως όλοι τους ήταν καθαροί.
Χαρακτηριστικά, η Σκαφίδα τόνισε: «Αρνούμαι κατηγορηματικά κάθε κατηγορία εξαπάτησης του αθλητικού ιδεώδους, με τη χρήση απαγορευμένων ουσιών, καθ’ όλη τη διάρκεια της καριέρας μου στον στίβο. Υποβλήθηκα συνολικά σε 26 ελέγχους ντόπινγκ από το 2003-2010 και όλα τα δείγματα ήταν αρνητικά. Τελευταία φορά που ελέγχθηκα ήταν στις 31 Ιανουαρίου του 2010.Έκτοτε πέρασαν 5 χρόνια και άλλα 4 χρόνια από την οριστική αποχώρησή μου από την ενεργό δράση. Καθ’ όλη τη διάρκεια της καριέρας μου ως εν ενεργεία αθλήτριας και τώρα ως γυμνάστριας, ήμουν και είμαι κατά της χρήσης απαγορευμένων ουσιών και υπέρ του αγνού και «καθαρού» αθλητισμού και πρωταθλητισμού. Θα συνεχίσω να υποστηρίζω με όλες μου τις δυνάμεις και να βοηθάω όπως μπορώ την εκστρατεία κατά του ντόπινγκ και ταυτόχρονα να διαδίδω το μήνυμα υπέρ του «καθαρού» αθλητισμού και του «Ευ Αγωνίζεσθαι».»