Το πρώτο παιχνίδι της δεκαετίας του 90 ήταν φτωχό σε θέαμα με τις δύο ομάδες να μένουν στο στείρο 0-0, να μένουν κοντά στη βαθμολογία ως το τέλος του πρωταθλήματος αλλά με τους πράσινους να χαμογελούν τελευταίοι κατακτώντας τον τίτλο με τρεις βαθμούς διαφορά από τους κιτρινόμαυρους.
Στις 31 Μαρτίου του 1991 σημειώνεται η πιο ευρεία νίκη στις αναμετρήσεις Παναθηναϊκού-ΑΕΚ με γηπεδούχο το τριφύλλι. Οι πράσινοι είναι μπροστά με έναν βαθμό διαφορά από τον Ολυμπιακό και την 25η αγωνιστική κόντρα στην ΑΕΚ επιβεβαιώνει το ρόλο του φαβορί με μια επιβλητική εμφάνιση στην οποία σκόραραν ο Στράτος Αποστολάκης στο 8ο και στο 51ο λεπτό, ο Κρις Καλαντζής στο 34ο και ο Κριστόφ Βαζέχα στο 55ο . Οι πράσινοι εννιά αγωνιστικές μετά κατέκτησαν το δεύτερο συνεχόμενο πρωτάθλημα τους τη δεκαετία του 90.
Δύο γκολ του Δημήτρη Σαραβάκου στο 26ο και στο 28ο λεπτό είναι αρκετά για να χαρίσουν τη νίκη στον Παναθηναϊκό, στο παιχνίδι της 19ης αγωνιστικής της περιόδου 1991-1992. Ο μεγάλος μικρός του ελληνικού ποδοσφαίρου έφτασε τα τέσσερα γκολ στις συγκεκριμένες αναμετρήσεις. Το πρωτάθλημα εκείνης της περιόδου κατέληξε στη Νέα Φιλαδέλφεια.
Δέκατη αγωνιστική της περιόδου 1992-93, στο Ολυμπιακό Στάδιο ο Κώστας Μαυρίδης βάζει τον Παναθηναϊκό μπροστά στο σκορ στο 34ο λεπτό. Ο Αλέξης Αλεξανδρής στο 83′ ισοφαρίζει χαρίζοντας έναν χρυσό βαθμό στην ΑΕΚ. Ένας βαθμός ήταν και η διαφορά ανάμεσα στις δύο ομάδες στο τέλος του πρωταθλήματος.
Με φορά από τα δύο συνεχόμενα πρωταθλήματα η ΑΕΚ πάει στο ΟΑΚΑ την τέταρτη αγωνιστική της σεζόν 1993-94 και με τον Δημητριάδη προηγείται μόλις στο 10ό λεπτό. Ο Βαζέχα επτά λεπτά μετά ισοφάρισε για τον Παναθηναϊκό. Ωστόσο ο Αλεξανδρής σκόραρε για δεύτερη σερί χρονιά στην έδρα τριφυλλιού χαρίζοντας τη νίκη στην ομάδα του. Αυτή ήταν και η πρώτη νίκη της ΑΕΚ τη δεκαετία του 90.
Επιστροφή στις νίκες για το τριφύλλι επί της ΑΕΚ. Την 25η Μαρτίου του 1995 ο Καπουράνης στο 13′ και με αυτογκόλ ο Μιχάλης Βλάχος στο 14′ βάζει από νωρίς γερά θεμέλια νίκης. Το σκορ έκλεισε ο Βαζέχα στο 86ο λεπτό. Ο Παναθηναϊκός με τη νίκη αυτή ουσιαστικά εξασφάλισε το πρωτάθλημα εννιά αγωνιστικές πριν το τέλος. Το 3-0 σημειώνεται για δεύτερη φορά μετά την περίοδο 1981-82. Μάλιστα αυτή ήταν και η τελευταία φορά που μια ομάδα σημείωσε τρία γκολ σε αναμέτρηση με τον Παναθηναϊκό γηπεδούχο.
Στις 10 Απριλίου του 1996 ο Παναθηναϊκός πετυχαίνει μια σπουδαία νίκη χάρη σε αυτό το γκολ του Μπορέλι που ακόμα μνημονεύουν οι φίλοι του τριφυλλιού. Με αυτή τη νίκη ο Παναθηναϊκός πέρασε στη βαθμολογία την ΑΕΚ κι διατηρήθηκε στην κορυφή ως το τέλος κατακτώντας το δεύτερο συνεχόμενο πρωτάθλημα του.
Το Δεκέμβριο του 1996 ο Παναθηναϊκός πετυχαίνει την Τρίτη του συνεχόμενη νίκη επί της ΑΕΚ με σκορ 2-0. Μάλιστα αυτή είναι και η πρώτη φορά που συμβαίνει κάτι τέτοιο καθώς μέχρι τότε δεν είχε επαναληφθεί το ίδιο αποτέλεσμα τρεις συνεχόμενες φορές. Σκόρερ για τον Παναθηναϊκό ο Γεωργιάδης και ο Βαζέχα ο οποίος έφτασε τα τέσσερα γκολ στις συγκεκριμένες αναμετρήσεις, όσα είχε κι ο Δημήτρης Σαραβάκος.
Η δεύτερη και τελευταία νίκη της ΑΕΚ έρχεται την περίοδο 1997-98 με σκορ 0-1 και σκόρερ τον Χρήστο Μαλαδένη. Η ήττα αυτή στοίχισε στον Παναθηναϊκό καθώς επωφελήθηκε ο Ολυμπιακός που τον πλησίασε στη βαθμολογία για να κατακτήσει εν τέλει το πρωτάθλημα με τρεις βαθμούς διαφορά. Η ΑΕΚ και στις πέντε δεκαετίες της μεγάλης κατηγορίας έχει πετύχει από δύο νίκες στην έδρα του Παναθηναϊκού.
Τελευταίο ματς της δεκαετίας με τις δύο ομάδες να μάχονται γι ατη δεύτερη θέση που οδηγούσε στο Τσάμπιονς Λιγκ. Το τελικό 0-0 περισσότερο ευνόησε την ΑΕΚ που διατήρησε μια διαφορά της τάξεως των τριών πόντων για να καταφέρει εν τέλει να πάρει την προνομιούχο θέση με έναν βαθμό διαφορά από το τριφύλλι.