Τον Ιούνιο του 2016, αποτέλεσε την πρώτη μεταγραφή της Μάντσεστερ Σίτι, στη νέα εποχή των «πολιτών» με την πρόσληψη του Πεπ Γκουαρντιόλα στην τεχνική ηγεσία.

Ο αγγλικός σύλλογος χρειάστηκε να δαπανήσει περίπου 27 εκατομμύρια ευρώ για να κάνει δικό της τον Ιλκάι Γκιντογκάν, μετά από παρουσία πέντε χρόνων στη Ντόρτμουντ. Ήταν ένας ποδοσφαιριστής που ο Καταλανός τεχνικός ήθελε και κατά τη θητεία του στη Μπαρτσελόνα. Και αποδείχτηκε ότι δεν είχε άδικο.

Έφυγε από την ομάδα της Βεστφαλίας ως ένας καλός ποδοσφαιριστής με τεχνικές αρετές και φεύγει ως ένα σύμβολο της Μάντσεστερ Σίτι, ως αρχηγός, που βοήθησε τα μέγιστα, ώστε να γιγαντωθεί ο σύλλογος και να φτάσει τελικά εφέτος στην κατάκτηση του μοναδικού τροπαίου που της έλειπε. Του Champions League. Και μαζί με αυτό, μπορεί να υπερηφανεύεται για το ιστορικό τρεμπλ της ομάδας του, στο οποίο είχε πολύ μεγάλη συμβολή.

Καθόρισε τον τελικό του Κυπέλλου Αγγλίας, πετυχαίνοντας και τα δύο γκολ απέναντι στη «μισητή» Γιουνάιτεντ, μάλιστα το πρώτο τέρμα του Γερμανού μέσου, ήταν το πιο γρήγορο που έχει σημειωθεί στην ιστορία του θεσμού (στα 13 δευτερόλεπτα). Η πέμπτη κατάκτηση της Premier League σε έξι σεζόν, οφείλεται σε μεγάλο βαθμό στην απότομη αγωνιστική του άνοδο τον Μάιο, σκοράροντας από δύο φορές σε συνεχόμενα παιχνίδια εναντίον της Λιντς και της Έβερτον.
Τα τελευταία τρία χρόνια έφεραν μια αναμόρφωση. Η ποδοσφαιρική του ευφυΐα έφτασε στο υψηλότερο επίπεδο. Μετά από 22 γκολ στις πρώτες τέσσερις σεζόν του στο «Etihad», ο Γκιντογκάν σκόραρε 38 φορές στις επόμενες τρεις. Το 2020, ο Γκουαρδιόλα είχε εκπλήξει με την αναφορά του ονόματος του Γερμανού μέσου ως πιθανό «ψευτοεννιάρι».

Πέρυσι, προσδιόρισε τον Γερμανό ως τον παίκτη της Σίτι που είναι πιο πιθανό να γίνει με την κατάλληλη εκπαίδευση, ένας εξαιρετικός προπονητής. Με τη νίκη της Σίτι επί της Ίντερ στον τελικό του Champions League, ο Γκιντογκάν έχει παίξει τώρα για τους τέσσερις από τους πέντε τελευταίους προπονητές που κέρδισαν το Champions League, τους Γιούργκεν Κλοπ, Χάνσι Φλικ, Τόμας Τούχελ και Γκουαρδιόλα. Ίσως ο Τσάβι της Μπαρτσελόνα, προστατευόμενος του Γκουαρδιόλα, να ενταχθεί σε αυτή τη λίστα.

«Τις τελευταίες εβδομάδες, τους τελευταίους μήνες, ήμουν σίγουρος ότι ήταν καιρός να έχω μια νέα περιπέτεια, ένα νέο κεφάλαιο και μια νέα χώρα». Παρά την προθυμία του Γκουαρντιόλα να τον έχει κοντά του και την επόμενη σεζόν, ο Γκιντογκάν επέλεξε να πάει στη Μπαρτσελόνα, σε ένα χρονικό σημείο που η φήμη του δεν ήταν ποτέ μεγαλύτερη.